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mirna的荧光定量pcr可以使用肌动蛋白作为内参。mirna可以通过与转录物的相互作用来关闭或抑制基因表达。最近的研究表明，它们影响大约30%的基因。mirna在许多组织中差异表达，这使得表达谱的分析成为研究的热点。同时，mirna的过表达和抑制也是近年来常用的研究方法。我知道并且用过的u6参照基因只有两个:rnu6-1和rnu6-2。前者就是常见的u6，后者有时也叫u6b。在我的大鼠rna样本中，u6的表达量有点过高，u6b的cq值接近我的靶mirna，稳定性良好。但这些对植物样本中参照基因的选择没有指导意义。为了测定植物中的u6，更快的方法是找到关于这一主题的文献综述。如果没有人写过这样的综述，你就得去数据库找所有的序列，自己对比。至于参考基因的选择，你必须确定在特定样本中的表达水平是稳定的，其他文献报道的参考基因不一定适合你的样本。在做一个新项目的时候，一般会选择3-5个常用的参考基因，经过pcr检测后选择。
提取的总rna有三条由大到小的条带。三个是主要波段。
哺乳动物rna包括mrna、rrna、trna和du小rna。根据分子量和沉降系数的不同，rrna在rna含量上可分为28s、18s和5.8s，rrna是几种rna中最多的，高达90%以上，而mrna很少，只有1-2%，而另外两种rna的分子量相对较小，这就解释了为什么从凝胶电泳的结果上只能看到三条带。这三条带的完整性代表了mrna的完整性。
rna电泳可以在变性和非变性条件下进行。非变性电泳用的是1.0%-1.4%的凝胶，不同的rna带可以分离，但无法判断其分子量。只有在完全变性的情况下，rna的流动性才与分子量的对数成线性关系。
因此，在测定rna的分子量时，必须使用变性凝胶。当需要快速检测总rna样品的完整性时，常见的1%琼脂糖凝胶就够了。
生物体内一般含有核糖体rna(rrna)、rna(mrna)和转运rna(trna)，其中rrna含量最多，从组织中提取总rna获得最多的是rrna。真核生物含有5s、5.8s、18s和28s，原核生物含有5s、16s和23s。一般5s、18s、28s在植物组织中比较常见。
s代表沉淀系数。当通过超速离心测定颗粒的沉降速度时，该速度与颗粒大小成正比。5s、18s和28s分别有120、1900和4700个核苷酸。
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